["明帝刚走，王敦派的追兵就赶到了。他们来到明帝刚停留的旅舍前面，见有一位老妇人正在那里坐着卖饭，便下了马向老妇人打听：“见到有两个骑马的人从这里经过吗？”
老妇说：“是有两个人从这里过去，他们走了半天了，恐怕已经走远了。他们在这里吃了点儿东西，就走了。哦，对了，有个黄头发的小伙子还给了我一个鞭子呢，很好看的鞭子啊，我从来也没见过这么好看的鞭子。”说着，从口袋里把明帝给她的七宝鞭掏了出来，递给士兵们看。
这几个士兵接过七宝鞭，看到上面镶嵌了好几十颗珠宝，亮晶晶的，煞是好看，几个人轮流把玩着，欣赏着，看了好久，后来感觉东西再好，也不能归自己，便恋恋不舍地交还给老妇人。
有个士兵看到了不远处的马粪，便说：“咱们过去看看吧，如果马粪都凉了，就说明人早已经走远了。”
他们走了过去，有两个人还发扬了“不怕脏”的精神，用手摸了摸，说道：“嗯，马粪确实凉了。
他们肯定过去半天了。”
“咱们追也不会追上的，就回去算了。”
几个人只得失望而归。明帝就这样逃脱了追捕。
六月二十七日，明帝司马绍进行了战略部署。任命司徒王导加大都督、假节，领扬州刺史；以丹杨尹温峤为中垒将军，与右将军卞敦守石头城；以光录勋应詹为护军将军、假节，督朱雀桥南诸军事；以尚书郗鉴行卫将军，都督从驾诸军事；以中书监庾亮领左卫将军；以尚书卞壶行中军将军。征召平北将军、徐州刺史王邃，平西将军、豫州刺史祖约，北中郎将、兖州刺史刘遐，奋武将军、临淮太守苏峻，奋威将军、广陵太守陶瞻等还朝护卫京师。
明帝的信任和重用，调动了王导的工作积极性。他向明帝司马绍献计说：“王敦这一病，已经好几个月了。是人所共知的事情，更是王敦将士上下皆知的事情，咱们现在一齐称说王敦已死，一是鼓舞我军士气，二是可以让叛军丧失战斗意志。”
司马绍高兴地说：“哈哈哈，这一招高明，就这么办。”
一时间，京师里到处都在传言大将军王敦已经病死。这时候，王导带领京师琅琊王氏子弟为王敦举行了隆重的丧礼。
司马绍在宫中说：“王敦已死，朕现在宣布：下诏讨伐王敦的党羽。”
于是晋朝将士上上下下都以为王敦已死，士气空前高涨。
王敦接到司马绍讨伐王敦党羽的诏书后大怒，但因病重而不能领兵，于是马上命令：以诛杀奸臣温峤为名号，以王含为元帅，带领钱凤与冠军将军邓岳、周抚领兵攻向建康。
王敦反叛之前试探性地询问记室参军郭璞起兵的吉凶。
郭璞（276年—324年），字景纯，汉族，河东闻喜县人（今山西省闻喜县），东晋著名学者，既是文学家和训诂学家，又是道学术数大师和游仙诗的祖师，他还是中国风水学鼻祖，著有《葬经》。
郭璞毫不讳言，当即回答说：“大将军起兵将一事无成。”
王敦很不高兴，但还是耐着性子继续问道：“那么你再算算我的寿命如何呢？”
郭璞说道：“根据刚才的卦象来看，大将军起兵则寿命不长，但是如果回到武昌，寿命则不可限量。”
王敦怒不可遏：“那你知道你的寿命如何？”
郭璞毫不迟疑，当即答道：“我的小命儿就在今天中午结束。”
王敦喊了一声：“来人，把这个逆贼给我押走。”
中午时分到了，果然有两个士兵押解着郭璞往外走去。
郭璞问道：“这是去哪里行凶呢？”
士兵答道：“南岗头。”
郭璞说：“必是两棵柏树下面。”
两个士兵走到南岗头一看，果然有两颗柏树。
两个士兵刚要行凶，只听郭璞说道：“树上还有个很大的老鸹窝呢。”
两个士兵看了半天，也看不到老鸹窝，说道：“不会有吧？”
郭璞说道：“肯定有，你们再仔细找找啊！”
两个士兵又找了半天，才看到了层层叶子之间藏着的一个大老鸹窝。
后来，晋明帝得知郭璞被害的经过，很敬佩他。想为郭璞建坟立碑，但尸首已找不到。他的亲人、朋友献出了保存的郭璞衣冠，葬在玄武湖畔。这便是郭璞衣冠冢的来历。
七月初一，王含水陆并进，领五万兵到江宁南岸，逼近建康，京师人心惶惶。
温峤率军移驻北岸，并烧毁朱雀桥，令王含不能渡过秦淮河攻击。
王导向王含写信向王含劝降，但王含没有回复。
七月初二，明帝司马绍亲率诸军出屯南皇堂。并在夜里招募壮士，派将军段秀和中军司马曹浑等率一千勇士夜间渡过秦淮河，趁叛军立足未稳，进行了突袭，取得了初步胜利。
清晨，后续主力部队跟随先头部队在越城突然向王含大军发动攻击，大破王含军，并斩其前锋将领何康。
此时的王敦，身在姑孰，一颗心却始终牵挂着建康的战事。
士兵来报：“朝廷大军在越城击败王含元帅……”
王敦闻听大怒。他对养子王应说：“我那都是战无不胜的士兵啊，怎么会吃败仗呢？咳！一个个都说是将军啊，元帅啊，听起来真他娘的好听，打起仗来，才知道真他娘的窝囊。还是我去吧，我要亲自领兵，再度拿下建康城！”
他挣扎着要从床上坐起来，但因病重乏力却无法起身。只好哀叹一声。
王应说：“一时失利而已，父亲不必担心。”