同治三年（1864年），太平天国败亡。曾国藩北上督师剿捻，由李鸿章署理两江总督，办理后勤。丁汝昌升为副将，统先锋马队3营，随刘铭传北上，与捻军作战。
七年（1868年），东捻军失败，丁汝昌授总兵，加提督衔，赐协勇巴图鲁勇号。
同治十三年（1874年），清政府决定裁军节饷，刘铭传拟裁去丁汝昌部马队3营，丁汝昌致书抗议，刘铭传怒其不执行命令，欲杀之。丁汝昌闻讯，驰归故乡巢县，得免杀身之祸。
同年，发生日本侵略台湾事件。
清政府展开海防大筹议，李鸿章力主购买铁甲舰，办理海军。
光绪元年（1875年）四月，李鸿章奉命督办北洋海防事宜。
丁汝昌罢职归田，闷闷不乐，其妻魏氏，是湖北钟祥人，出身书香门第，是一位有见识的女子。
她安慰丁汝昌：
“家有薄田数亩，足以饱腹，大丈夫建功立业，自有时也，姑待之”。
家居数年，丁汝昌时常想到李鸿章身居直隶总督兼北洋通商大臣，姑前往天津投靠。
李鸿章素知丁汝昌“才略武勇”，就对他说：
“省三（刘铭传）与尔有隙，我若用尔，则与省三龃矣。尔宜与之分道扬镳！今吾欲立海军，乏人统率，……当以此任相属。”
当时，陕甘总督左宗棠正在指挥西征收复新疆的战事，因素知丁汝昌作战英勇，奏请发往甘肃差遣。
李鸿章不愿丁汝昌西行，便以丁汝昌“伤病复发”为由，把他留在天津。
黄海海战
1894年初，丁汝昌获尚书衔（尚书相当于今天政府中的部长）。
5月，朝鲜爆发农民起义；清政府应朝鲜政府之请求，派兵前往助剿。
日本政府援引《天津条约》，也派兵赴朝鲜，蓄意要挑起战争。
7月25日，日本海军联合舰队在朝鲜丰岛海域偷袭中国运兵船队；8月1日，中日两国政府同时向对方宣战，甲午战争正式开始。
由于入朝日军不断增多，清政府决定再度增调兵力赴朝作战。
9月16日，丁汝昌奉命率北洋舰队护送援军由大连湾驶往鸭绿江口登陆；并于次日上午返航。
中午11时30分，北洋舰队发现日本联合舰队自西南方向驶来，一场海上恶战迫在眉睫。
丁汝昌立即命令北洋舰队由返航时的犄角鱼贯小队阵（或称夹缝鱼贯小队阵）改为犄角雁行小队阵”（或称夹缝雁行小队阵）
[注：这个阵型也就是丁汝昌在报告中所说的“夹缝鱼贯阵”]迎敌，同时他还向全舰队发出三条作战训令：
（一）舰型同一诸舰，须协同动作，互相援助。
（二）始终以舰艏向敌，即保持位置，而为基本战术。
（三）诸舰务于可能范围之内，随同旗舰运动。
由于时间紧迫，北洋舰队迎战时的队形未能形成犄角雁行小队阵，实际接战时的队形类似于“燕翦阵”，至于后人所说的人字阵、后翼梯阵、突梯阵、楔形阵、V形阵都不过是一种近似的形象说法。
而日本联合舰队的12艘军舰则分列为两个战术分队：
以航速较高的“吉野”号等四舰作为第一游击队，以单纵队在本队之前充作尖刀之用；其余八舰作为本队，以但纵队在第一游击队后方鱼贯跟进。