在这个世上有一些无人知道的秘境，这些秘境里有着奇异的自然风景以及神奇的生物，忍者所拥有的通灵兽便是来自这些秘境之中，若无缘分或是他人的指引，是不可能达到这些秘境之中的，而在这些秘境之中有三个传承已久的古老之地，据说这里有着仙法的传承，若有人诚心到访，秘境里的仙人便会传授其道法——
自来也小时候使用通灵之术，由于未曾签订过通灵兽的契约，便被通灵之术给带到时空的乱流中，若按正常的情况，他要么是死在空间乱流中，要么会随机到达某个秘境里，让人惊讶的是，他出现的地方竟是三大圣地之一的妙木山，后来他拜见了妙木山祖师大蛤蟆仙人，从大蛤蟆仙人那里得知，自来也之所以可以在到达妙木山，其实是冥冥之中的命运所引导的，因此在那之后自来也便在妙木山里修行，也与妙木山签订了通灵兽的契约。
妙木山风景秀丽，空气清新，四处生长着怪异的、形似叶片与蘑菇的植物，在山崖上有着大量的瀑布，回想着哗哗的声响——妙木山是蛤蟆的国度，在这里生活的蛤蟆也与外界不同，既可以口吐人言，又可以使用特殊的能力，妙木山的祖师是大蛤蟆仙人，据说他在忍界祖师六道仙人的时代就已存在，或许也曾与六道仙人见过面。
在妙木山里充斥着一股纯粹的力量，被称作仙力，又叫作自然能量，这便是妙木山的仙术来源，习得仙术并有所成就者可以在妙木山里称作仙人，至今只有大蛤蟆仙人、深作仙人、志间仙人，大蛤蟆仙人早已清修、不再管理俗世，因此妙木山的事宜都由深作和志间两位仙人处理。
今日，深作仙人与志间仙人正在家中用饭，忽然间他们感觉到一股奇异的力量气息，这是通灵之术的气息，两个蛤蟆面面相觑，这是有其他人来到妙木山，还是自来也那个小子过来了？
刚刚走出家门，他们便听到一声巨大的响声，像是有什么人在战斗，不禁心中一紧，深作仙人和志间仙人立即往声音来源处赶过去，等到他们到时，却发现事情已经结束了，就见自来也站在那里，在他的面前躺着两个人，他们胸口各插着一把巨大石剑，身上似乎在飘动着类似纸屑的东西——
两个蛤蟆跳到自来也的身边，深作问道：“哟，小自来也，好久不见了，怎么一来就折腾这么大的动静？”随即又往躺在地上的两人看去，道：“这是敌人吗，什么样的敌人要让你引到妙木山里来？”
自来也看着两位仙人，笑道：“深作仙人、志间仙人，好久不见了，这次是碰上一些麻烦了，必须要用到妙木山里的秘制石剑。”
妙木山的秘制石剑有着神奇的效力，只要一旦贯穿心脏，便可以令其灵魂逐渐脱离、回归极乐净土，看起来似乎没有什么特别的，因为一般人贯穿心脏也活不了，但妙木山石剑的特殊效果主要是为了给人致命一击，针对的是有特殊能力的人，不管是有不死之身的人还是只要灵魂尚存、肉体被消灭多少次也无所谓的人，一旦被妙木山石剑给贯穿心脏，就会无可避免地被带往极乐净土，真真正正地死去。
自来也知道秽土转生必须要将死者的灵魂给封印时，便想到了妙木山的石剑，一般的手段是无法杀死秽土转生的死者的，而妙木山石剑却正好可以用在这个地方，所以他与猿飞日斩破坏掉千手柱间、千手扉间的行动能力，就迅速把他们带到妙木山里来，并用秘制石剑贯穿了他们的心脏，如今这两人已经没有办法行动了，他们的灵魂将会脱离，回归到极乐净土的世界中去。
也许是因为这个原因，千手柱间、千手扉间恢复了神智，他们躺在地上，身体无法动弹，可以感觉到自己的灵魂正在慢慢离开这个躯体，兄弟两人不用细想也明白发生了什么，千手柱间看着自来也，说道：“这里是妙木山吗，看样子我们是被解放了啊，谢谢你了，虽然不知道你是什么人，但是给你和猴子添麻烦了。”
自来也道：“我是猿飞老师的弟子，叫自来也，这不是先代火影的错，都是大蛇丸干的好事。”
千手扉间道：“大蛇丸就是那个使用秽土转生的年轻人吗，他能把我的忍术给完善，真的是一个奇才，只不过他对木叶是一个巨大的祸患，你和猿飞一定不能让他离开木叶，否则会后患无穷。”这位以冷酷铁血著称的火影一心以木叶为重，在看到大蛇丸对木叶出手之后，尽管惋惜其才，也嘱咐自来也不能让其安然离去。
自来也苦笑一声，在之前他对大蛇丸仍有幻想，希望他可以回到木叶，但经过这次战役，他感觉到大蛇丸是不可能回归木叶了，联合外村毁灭村子这是不可饶恕的重罪，既然大蛇丸企图将木叶给毁灭，那他为了木叶的将来，也不得不对大蛇丸下狠手。
即使是这么想，自来也的心里依然是十分沉重，对于这个同门及战友，他是有着相当深厚的感情，不然当年他也不会因为觉得自己没有察觉到大蛇丸的心性有失，便执意离开村子去寻找大蛇丸的踪迹，所以他在心里下了决心，到时候把大蛇丸给擒下，他也不会害大蛇丸的性命，只会让大蛇丸到牢狱里，若大蛇丸有所悔悟，自来也也会求情让大蛇丸过得好一些，有点行动自由——