沈葆桢任两江总督后，还不时关心着台湾的开发和建设。
光绪三年（1877年），丁日昌奏请在台湾兴修铁路，开办矿务等事，沈葆桢给予全力支持。
自沈葆桢始，后经丁日昌、刘铭传等人的努力，台湾社会经济迅速发展起来。
沈葆桢为筹办台湾海防，先后渡台两次，是在台湾兴办洋务第一人，也是大规模开发和建设台湾东部第一人。
沈葆桢是个爱国、清廉的洋务派官员，也是为国为民尽力寻求自强之路的有识之士。
他民族自尊心极强，坚决抵抗外国侵略者，直至临死前，他所极力主张建立以铁甲舰为核心的外海水师仍未能筹办，他在遗疏中还指出“事关呼吸，迟则噬脐。”
他为中国近代海防建设作出的不懈努力，应该得到充分肯定。
南昌教案
沈葆桢在江西任内，曾经处理着名的南昌教案。
1860年《北京条约》签定后，传教士在中国拥有了“传教宽容条款”。
条约规定：
“将前谋害奉天教者之时所充之天主堂、学堂、茔坟、田土、房廊等件应赔偿。”
而在外国的文本中，法国传教士孟振生私自在汉文本条约中又增加了“任法国传教士在各省租买土地，建造自便”。
根据利益均占的原则，其他各国也相应获得了偷来的这条权力。
教案的发生，大而言之，是中西文化的冲突，具体论之，则是教堂对中国财产的巧取豪夺和包庇教民。
中国的地产权利是中国民众最要害的一项权利，教堂要自养、自传，必然要与中国农民争夺土地，由此发生直接的冲突。
而教堂对一些作奸犯科的部分教民，采取包庇的态度，也干涉了中国司法的完整。
上述两个原因，都会导致民众和士绅联合起来，反对教堂。
1861年末，法国拉撒路会的罗安当被指派为江西主教，根据不平等
条约，他准备收回在南昌曾经被没收的天主教的财产。
同时，他还想扩大教堂的规模，并兴建一所育婴堂。
当他的中国助手方安之到南昌、买下筷子巷的一所房屋作为育婴堂的时候，南昌以及湖南的士绅们就一哄而上，发布了当时广为流传的《扑灭异端邪教公启》。称：
“乃有奸民罗安当、方安之，倡行邪教，煽惑愚民，甚至采生折割，奸淫妇女，锢蔽儿童。”
号召人民：
“锄头扁担，尽作利兵；白叟黄童，悉成劲旅。”
对于中国教徒，一经发现，号召“不必禀官，公开处死，以为不敬祖宗，甘心从逆者戒……”
此次教案，规模宏大。
在南昌，聚集了数千参加科举的学生，发誓要捍卫中国传统儒家道统。
1862年3月15日沈葆桢上任，但他拒绝接见罗安当。
3月17日，愤怒的民众捣毁了育婴堂，砸烂了属于教徒的店铺和房屋。
沈葆桢得知此事后说：
“夷人逞志于我久矣，不虞吾民之藉手以报之。”
而罗安当和方安之于慌乱之中逃跑。
罗安当一路跑到了北京，向法国公使节哥士耆禀告了南昌的情形，后者向总理衙门提出了赔偿事宜。
急于寻求法国支持助剿太平天国的朝廷，遂命令沈葆桢处理此事。
沈葆桢说“当时不暇致详”，而今“诱之以利，怵之以威，百计推求，仍无端绪”，表示无法处理此案。
直到次年一月底，总理衙门经过和法国的谈判，决定派人护送罗安当回南昌，再次命令沈葆桢亲自接见罗，并给法国人赔偿7万两。
罗安当还没有回到南昌，南昌的民众再次聚集群起攻之，致使罗安当返回九江谈判。
经过协商，罗安当放弃了在南昌的教堂和育婴堂，并且把赔偿从7万两减至1.7万两。
沈葆桢在日后说：
“以中国之心思通外国之技巧，可也；以外国之习气变中国之性情，不可也。”
可见其支持反对传教之理由是为了中国道统的完整。
他还以坚强的口吻表达了决心：
“虽然，办理不善之咎，我辈自任之，幸勿作缉捕论也。”
自此后，中国的教案不断发生，终于发展成为19世纪末的义和团运动。
人物故居
沈葆桢故居位于宫巷26号，始建于明代天启年间，数次易主。
清同治年间，沈葆桢购置这座大房屋，加以修葺居住。
现为沈家后裔的住宅，是清代福州典型官宦人家大院。