["陶侃同意了毛宝的建议，便给温峤军队补充了军粮。
然后毛宝果真顺利地带兵烧毁了苏峻在句容、湖孰积囤的军资、米粮，造成了苏峻军队缺乏粮食和军需物资的局面，也解除了陶侃退兵、讨伐军分裂的危机。
不久，苏峻派韩晃和张健攻打郭默守的大业垒。当时大业垒在围困之下十分缺水，人都被逼饮用粪水。面对如此困境，作为主将的郭默因为畏惧而偷偷出走，只留下兵士守卫。
在京口的郗鉴军听说作为京口屏障的大业垒被攻打都很惊慌，纷纷要求后退到广陵。郗鉴坚决不同意这个意见。他说：“我们这两道防线直接关系到京师讨伐军的安危，大业垒即便被攻破，还有我们京口这个屏障呢，所以我们一定要坚守。”
陶侃见大业垒情况危机，打算营救大业垒，但陶侃的长史殷羡说：“咱们的水军不孰悉步战，一旦营救失败就会令讨伐军陷于劣势，不如我们来个围魏救赵，直接攻击石头城，让韩晃等自动退还以援救石头城。”
陶侃说道：“此计甚妙！”便率水军向石头进攻，
328年（咸和三年）九月，温峤在白石修建行庙，大设坛场，祭告皇天后土、祖宗之灵，温峤亲自宣读祝文，宣布向苏峻叛军进行最后的决战。他语气激昂，泪流满面，三军将士都不敢抬头观看。
召开了誓师大会，庾亮、温峤、赵胤等率步兵万人从白石南下出战，进逼苏峻主力。苏峻与匡孝率领八千人进击，苏峻令儿子苏硕和苏孝带数十名骑兵迫近赵胤，打败了赵胤军。
苏峻看见赵胤败走，便说：“苏孝能攻破贼兵，我还不如儿子苏孝吗？”便离开部众，带领数名骑兵北上突入敌阵，但没有成功。苏峻准备回奔白木坡，但座下战马突然原地打转，不肯前行。见此情景，温峤的牙门将军彭世、李千等纷纷用长矛向苏峻投掷。苏峻从马上坠落而死。讨伐军兵士一拥而上，将苏峻的尸体斩首分割，并点燃焚烧了尸骨。
苏峻死后讨伐军军心大振，而苏峻军丧失斗志，纷纷溃散。任让于是立苏逸为主，闭城自守。管商和弘徽攻打庱亭垒，但被击败，管商于是向庾亮投降。
赵胤在另一方面派甘苗攻击在历阳的祖约，祖约于是乘夜带左右数百人北逃到后赵，石勒虽然收留了他们，但是也等于是把他们软禁起来了。
温峤在苏峻死后设立行台，命令全国二千石以下故吏到行台集合。然后召开动员大会，号召各地行动起来，剿灭叛军残余。随后讨伐军向叛军展开反攻。
（329年）正月，陆晔和尚书左仆射陆玩游说匡术以苑城归附，匡术答应，陶侃于是命毛宝和邓岳守城。
叛军派韩晃来进攻。毛宝登上城墙射死叛军几十人。
韩晃冲着城墙上向毛宝喊道：“莫非你就是毛庐江吗？”
毛宝说：“正是。”
韩晃说：“哈哈，你以勇猛无敌闻名，何不出城跟在下决斗呢？”
毛宝说：“你如果当真是员猛将的话，就请进城来吧，末将陪你玩玩！”
韩晃笑着退走了。
右卫将军刘超和侍中钟雅与建康令管佩等密谋带晋成帝投奔西军，但计谋败露。苏逸于是派任让领兵入宫收捕刘超和钟雅。此时成帝抱着二人不放，哭着说：“不得伤害我的侍中、右卫！”但任让还是带走并杀害了这二人。
329年二月，官军向石头城进攻，大败苏逸军队。温峤临阵斩杀苏硕，晋西军又击杀苏逸，晋成帝乘机逃出宫城，投奔温峤。
成帝脱险后来到温峤船中。群臣见到皇帝，无不下跪痛哭流涕。庾亮也屈膝下拜，以额伏地，泣不成声。
第二天，庾亮晋见皇帝，又顿首至地，并请求辞官回家。帝不允许，派遣尚书侍中持手诏安慰庾亮：“这是社稷之灾，国家之难，并非舅舅的过错。”随后杀叛臣西阳王司马漾并其二子及彭城王司马雄。
任让原来跟王导关系不错，王导建议宽恕任让。成帝说：“就是先前杀我右卫刘超和侍中钟雅的那个小子吗？绝对不能饶恕！”于是当即将他处死。叛军将领张健、韩晃、马雄等人也被郗鉴军诛杀。至此，苏峻、祖约叛乱全部平定。