不久，幕府第一次讨伐长州，藩内保守派即向幕府表示“恭顺”。
1865年初，高杉晋作等改革派下级武士起兵，夺得藩政，伊藤坚决支持。伊藤是从攘夷到“开国进取”转变的先行者和促进者。
1866年1月，萨、长两藩下级武士结成倒幕联盟。
6月，幕府第二次讨伐长州。伊藤前往石州，准备参战，抗击幕府。后受长州藩之命，去长崎向外商购买轮船，以对付幕府的海军，但未成功，又转往上海。
8月底买回两艘轮船。此时，征长战事以幕府失败告终。
在同幕府斗争中，倒幕派势力不断壮大。
1867年10月14日，朝廷向倒幕派发出讨幕密诏。同一天，幕府将军德川庆喜提出“大政奉还”。
12月9日（阴历），天皇发表“王政复古”大诏令，宣布废除幕府制，建立新政府。
伊藤得知讨幕消息后，即从长崎来兵库，欲与长州藩诸队一起战斗，后因故回长州。1868年1月初又来兵库，1月13日，被明治新政府任命为外国事务交涉员。在木户孝允、大久保利通和细田道一的领导下负责处理外交事务。
后又任外国事务局判事、大阪府判事兼外国官判事、兵库县知事。
1871年11月，伊藤博文以副使身份，参加由右大臣岩仓具视率领的使节团。
历时近两年，访问欧美10多个国家，参观考察了金融、商业机构、军事工业、重工业和轻纺工业部门以及文化教育设施等。
访问中，伊藤更加深切感到，必须用西方先进的科学技术，推进日本资本主义的工业。
1873年9月，伊藤回国。10月，任工部卿。他领导工部省，大力“劝奖百工”。大力修建铁路，创办国营企业，引进西方先进生产技术和设备，改造和扩建了佐渡金矿、生野银矿和三池、高岛等煤矿以及赤羽机器制造厂、深川水泥厂、品川玻璃制造厂、兵库和长崎造船厂等。
70年代中期起，扶持三菱会社等航运企业与英、美等国轮船公司开展国际航运竞争，又采取多种示范与保护措施，把出口工业转向民间，使“殖产兴业”达到了新阶段。为日本的产业革命和资本主义工业化奠定了物质基础。
1877年，以西乡隆盛为代表的封建武士，发动了大规模的武装叛乱。
伊藤坚决主张平定叛乱。他曾派人去山口县，征募壮兵1,300多人，军夫7,600余人，送往前线，支援政府军。
1878年5月，伊藤博文成为内务卿。在政府中的地位与作用进一步提高，成为由萨摩、长州藩出身的下级武士组成的藩阀官僚政府的核心成员。
1881年，由于明治三杰西乡隆盛、木户孝允，大久保利通先后死去，政界最有实力的人物当属伊藤和大隈重信两人。
就在这一年，伊藤秘密联合政府中的萨摩，长洲系官僚及皇室公卿，发动明治14年政变，排斥了政治上的强硬对手大隈，从此他便成为政界的头号人物！
“伊藤君所说，倒也是个问题……”睦仁低头沉思好一会儿，方才款款说道：
“这样吧！先从朕的薪俸之中拿出五分之一，全体官员都要捐款，一定要将新式教学楼建成，而且都要使用英国进口的砖头！”
虽然嘴上这么说，明治天皇脑子里却也不糊涂，国库空虚、预算紧张，按理说需要经费的地方多了去了，为什么还要在这么一个小小的教学楼上面做文章呢？
其中，睦仁心中也有着自己的一番考量。
自己现在已经不是以前那个刚刚登基的矛头小子了，地位稳固，独掌大权，但是海军建设和教育建设依然十分艰难。
而自己登基伊始提出的“富国强兵、置产兴业、文明开化”改革方针的进行，也受到了一些守旧顽固派的阻挠。
自己虽然及时的撤销和开除了一些守旧派和顽固派的职务，但是朝野之中的议论和反对之声依然存在。
维新运动已经过去十余年，可一些改革派和西化人员的意志还是不太坚定，为了一系列政策的有力实施，亟需自己一锤定音，起到定海神针的作用。
江田岛海军兵学校，顾名思义，和西方的海军军校一样，是培养海军人才的地方。
如果自己能够排除万难，将教学楼的计划付诸实施，一来海军人才的培养有了发展的基础，而来也彰显了自己全盘西化的决心，还进一步促进了教育事业的增长，可谓是一举三得！
这，也就是睦仁为什么非要在建设教学楼上大做文章的原因。
现在海军兵学校面临竣工，更是不能有丝毫的马虎和疏漏！