僧格林沁部1.1 万多人马被捻军全歼，僧格林沁毙命。
清廷闻讯震怒，严旨申饬曾国藩，给刘铭传以革职留任的处分。
十一月，刘铭传尾追捻军，冲过周家口，强渡沙河，在宏济桥与捻军赖文光、任化邦、牛洛红等遭遇，铭军凭借洋炮队火力，杀伤捻军甚众，于次年三月攻下黄陂县城，刘铭传因此官复原职。
九月，捻军赖文光部与张宗禹部冲破曾国藩的沙河防线，进军河南中牟，分为东、西捻军。
曾国藩河防战略失败，引咎辞职，清廷令李鸿章接任。
李鸿章趁机扩充淮军，由4 万人扩展到7 万人，铭军马营增加尤为迅速，在淮军28个马营7000多匹战马中，约有13营3500多匹隶属铭军。
铭军负责追剿东捻军，历时三载，最后在杨州瓦窑铺将东捻军战败。
清廷授予刘铭传三等轻车都尉世职，赏给白玉柄小刀等物品。
刘铭传以封赏太少，告积劳成疾不能坐骑为由，请假回乡养病。
在东捻军垂危之际，西捻军闻讯驰援，直逼天津。
清廷惊恐，严旨不停催促刘铭传率军护卫。刘铭传向李鸿章献计，将西捻军引到黄河、运河、徒骇河之间的狭长地带，铭军在西捻军被围后与之决战，致西捻军全军覆没。
刘铭传以收平西捻军的全功而晋爵一等男。
随后赴陕甘，配合左宗棠镇压回民叛乱。
至陕甘后，刘铭传头伤后遗症复发，加之李鸿章保荐出任陕西巡抚未成，以“脑痛欲裂”为由，奏准获假3个月回籍休养。
此时铭军已有2万人马，刘铭传推荐甘肃提督曹克忠统领。
刘回家不久，铭军武毅右营士兵因不服曹克忠管理而发生哗变。
因此，刘铭传以荐举非人而受革职处分。
刘铭传心灰意冷，退志更坚，即在家乡大兴土木，修建庄园，修成合肥西乡的刘老圩和六安麻埠的刘新圩。
保卫基隆港
刘铭传闲居十几年中，国事日益衰败，外患也日益严重，在同一些办洋务和具有改良思想的人士交往中，其思想发生了很大变化，常常中夜彷徨，不能安眠。
1883年，中法战争爆发。已解甲归田，在乡间隐居多年的刘铭传愤然而起，准备重赴沙场，杀敌报国。
清政府任命他为督办台湾事务大臣，筹备抗法，不久又授福建巡抚，加兵部尚书衔。
1884年六月，法国侵略者把战火烧到台湾海面，清廷诏令刘铭传入京，他当即上了一道《遵筹整顿海防讲求武备折》，慷慨主战。
6月26日，清廷下诏，命刘铭传督办台湾军务，就在同一天，法国政府下令将驻越南的东京湾舰队和南中国海舰队混合编组，成立一支特遣舰队。
刘铭传于1884年7月16日抵达基隆，第二天即巡视要塞炮台，检查军事设施，并增筑炮台、护营，加强台北防务。
在他到达基隆的第15天，战争就爆发了。
1884-1885年的中法战争，分为前后两个阶段，第一阶段在越南北部及中越边境进行；第二阶段战火扩大到福建台湾沿海，有陆战和海战两个战场，尤以台湾陆战最为激烈。
1884年8月4日，法舰直逼基隆，法军远东舰队司令孤拔和副司令利士比派一副官上岸，要求守军“于明日上午八时以前将炮台交出”，守军置之不理。
5日，法舰在利比士的指挥下齐向基隆炮台猛烈开火，摧毁了清军数处炮垒及营房，守军于死伤十余人后向内地撤退。
法军登陆，占领基隆港，将港内各种设施和炮台进行破坏。
6日下午，法军陆战队向基隆市街搜索前进，并攻击附近高地。
守军在刘铭传亲自统率下奋勇从各个方向进行反击，逐渐缩小包围圈。
经过几小时的激战，法军伤亡100余人，狼狈逃回军舰，侵占基隆的计划破产了。
法军侵犯基隆首战即告失败，于是又向清政府提出新的和议条件，清政府再次拒绝。此时，法舰已有预谋地集中于福州马江，乘清军将吏相信“和谈大有进步”、丝毫不作准备之际，于23日下午发动突然袭击，把南洋水师所有战舰全部击沉，然后炮轰马尾造船厂和马江沿岸各炮台。
从此，法军就牢牢地掌握了台湾海峡的制海权，得以随心所欲地全力侵台。孤拔再犯基隆。守军奋勇抵抗约两小时，伤亡百余人，最后被迫后撤。
法军乘势登陆进攻，基隆港湾及周围阵地尽失，基隆市区告危。
这时，法军在利士比的指挥下正进攻沪尾。